Jurusan Fisika dengan satu program studi, yaitu Program Studi Fisika pada awalnya merupakan salah satu Jurusan yang bernaung pada  Program Sarjana Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA), Universitas Jenderal Soedirman (UNSOED). Pendirian Jurusan/Program Studi Fisika berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 1012/D/T/2002, tertanggal 22 Mei 2002. Tahun 2003/2004 merupakan tahun akademik pertama bagi Jurusan Fisika. Pendirian Jurusan/Program Studi Fisika sesuai dengan Rencana Induk Pengembangan (RIP) UNSOED dalam upaya mendukung fakultas/jurusan eksata lain di UNSOED terutama dalam perkuliahan dan praktikum ilmu – ilmu dasar (Basic Sciences) serta untuk menghasilkan lulusan sarjana Fisika guna memenuhi kebutuhan pasar kerja yang berbasis ilmu pengetahuan dan teknologi.  Pada tahun 2007, Status Jurusan Fisika diubah menjadi Program Studi melalui Keputusan Rektor UNSOED No. Kept.239/H23/OT/2007 tentang pembentukan Fakultas Sains dan Teknik, yang menggabungkan tiga program sarjana, yaitu Program Sarjana Matematika dan Imu Pengetahuan Alam, Program Sarjana Teknik dan Program Sarjana Perikanan dan Kelautan. Kemudian Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam berdiri sebagai fakultas ke-11 berdasarkan Permendiknas No 17 Tahun 2014, tanggal 23 Maret 2014 tentang Organisasi dan Tata Kelola UNSOED dengan 3 (tiga) Jurusan yaitu Jurusan Kimia, Jurusan Matematika, dan Jurusan Fisika. Masing-masing Jurusan mempunyai satu Program Studi yaitu Program Studi Kimia, Program Studi Matematika dan Program Studi Fisika.

Pada saat ini, Program Studi Fisika telah terakreditasi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN PT) pada tahun 2007 dengan nilai C, tahun 2009 dengan nilai B, dan tahun 2015 dengan nilai B (berlaku sampai dengan 2020) dalam menjalankan kegiatan Tri Dhama Perguruan Tinggi.